税收征管法是指税收征收与管理关系的法律规范的总称，其主要内容有税务管理、税款征收、税务检查及违反税法的法律责任。电子商务给税收同样也带来了新的挑战。因为电子商务的交易过程是无形的，所以电子商务征税比较难控制。税务部门将面临电子商务征税新的挑战——电子商务的税收征管。
在电子商务征税环节，将可能面临如下困惑：
1.税款流失严重。许多交易对象均被转化为“数字化资讯”，在国际互联网中传递，税务机关是很难确定其交易内容的。据有关资料显示，如果一个贸易企业将业务由实体销售转为互联网销售，则政府会失去很大一部分税收。比如，一家外资企业进口软件，不是通过海关，而是通过互联网，整个过程不使用任何有形介质，这些具有高市场价值的软件商品并没有依法申报海关关税和销售增值税。据有关资料显示，外资企业每年进口软件产品200亿元人民币，依据软件产品进口关税9%，销售增值税17%的规定，这部分税款收入可能高达52亿元人民币。
2.税收管辖权的确认困难。从目前看，当今世界各国对税收管理基本上都实行居民管辖权和收入来源管辖的原则，对居民来自全球所得课税，对非居民来自本国的税收课税。在电子商务中甲乙主体即可能是来自国内的，也可能是跨国境的。而由于网络的广泛性和不可追踪性等原因，收入来源地难以确定，其管辖权也就不易界定。
3.税务稽核很难适应。由于电子商务的经营方式本身具有隐蔽性，交易不见面，交易地点不固定，交易双方没有固定的场所，其交易行为很难被发现，从而使得税务稽核无从下手。即不能采取按帐征收的办法，也不能采取核定征收的办法。
4.国际避税问题加剧。通过国际互联网将产品的生产、销售等各个环节分布于世界各地，只要在避税地建立一个网址就可以了。在电子商务发展中广泛运用的电子货币和信息加密技术也使得纳税人在交易中的定价更为灵活和隐蔽。在电子商务中，交易过程中的收款日期。发出货物日期，机构所在地以及经济活动或劳务发生地都是难以捉摸的，因此税务机关也很难按照税法的规定进行征收税款了。电子商务使得大量的消费者能够通过设在来源国服务器上的网址进行交易。那在实务中能否将计算机服务器视为常设机构呢？在各国现行税收法中还未出现将计算机服务器视为企业常设机构的。退一步来说即使是将服务器设定为企业的常设机构，企业也可以将服务器在世界各国之间转移。所以将计算机服务器设定为企业常设机构其实并无多大法律意义。
5.代扣代缴税款无法进行。在电子商务中，经销商网上浏览商品，从网上选购经销的商品品种，在网上与客户联系，利用网络采购商品，并用电子货币支付货币。电子商务改变了传统的商品营销方式。电子商务中产销双方无须通过中介机构就可以直接进行交易，从而对代扣代缴办法产生影响。
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